El territorio que hoy corresponde al cantón Guamote estuvo habitado desde tiempos inmemorables por cacicazgos como los Guamutis, Atapos, Pulles, Tipines, Vishudes, entre otros. Todos estos constituían parcialidades del reino Puruha, pueblos dedicados a la cría de ganado, al pastoreo y la producción de lana.
Una de las características de Guamote ha sido la rebeldía de su gente, primero contra el imperio Incaico y , después, a lo largo de la colonia y la república, contra los españoles y terratenientes.
Hasta 1984 los indígenas estaban marginados de las diferencias instancias de representación política. A pesar de esto los representantes indígenas eran utilizados por los mestizos para captar la presidencia del concejo. Desde la década de los 90, las organizaciones indígenas y campesinas decidieron participar con candidatos propios, como producto de esta decisión en 1992 se logró el triunfo, constituyéndose así en el primer Municipio del País que contaba con un Alcalde Indígena.
